眼睛的尼米兹下令：想尽一切办法，三天内把它修好！
整个海军工厂都忙碌起来，精通维修技术的尼米兹也穿上齐腰长的长筒裤站在船坞里现场指挥。推进器和升降机是好的，木质飞行甲板在返航时也已经修复。被炸坏的隔舱可以用木料临时支撑住，舰仓则需要修补，弹片已经把舰体炸出了几个窟窿。
“约克城”号进入船坞不到一个小时，焊接工具、钢板和其他材料就集中到了船坞，维修人员则一刻不停地开始工作。三天后，完成修复并加满油的“约克城”号返回第17特混舰队。
尼米兹回到办公室时，走廊里正回荡着他熟悉的粗厚低沉的讲话声，那是他的爱将和老友哈尔西的声音。见到哈尔西时，尼米兹明显感到对方面容憔悴，而且消瘦了很多。原来哈尔西一直患有皮炎，自从4月初率领舰队空袭东京以来，高度紧张的工作让他的病再度复发，白天要处理公务，晚上则难以入眠，医生提出的意见是必须入院治疗。
尼米兹不得不重新考虑指挥中途岛战役的人选，哈尔西向他推荐了巡洋舰指挥官斯普鲁恩斯，尼米兹心中则属意刚刚指挥过珊瑚海海战的弗莱彻。他把弗莱彻找来，并以挑战式的口吻对他说：“你知道吗？日军已经任命了接管中途岛的指挥官。”弗莱彻能感受到尼米兹的愤懑，敌人在考虑战役结束后的人事任命，而自己却还没有确定指挥这场战役的指挥官。
两个人的谈话并没有结果，其中有一个重要因素是作战部长欧内斯特·金反对由弗莱彻指挥这场战役，他一直质疑弗莱彻的指挥能力。尼米兹要求弗莱彻回去准备一份详细的书面材料，阐述他在珊瑚海海战的指挥经过，然后他提笔给金写了一封电报：“弗莱彻在港口停留了3天，我终于有机会同他讨论珊瑚海地区的战斗，澄清了对他的部队在战斗中缺乏积极性的看法。我希望您在读过这封电报后，将同意我的意见——弗莱彻在珊瑚海海战中显示了卓越的判断能力，出色地完成了任务。他是一位优秀的海军指挥官，希望你能任命他为一支特混舰队的司令。”
对于哈尔西的意见，尼米兹也部分采纳了。他决定让斯普鲁恩斯代替哈尔西指挥第16特混舰队，但他也明确告诉斯普鲁恩斯，指挥航母舰队是临时性工作，战斗结束后自己将任命斯普鲁恩斯担任太平洋舰队的参谋长。
斯普鲁恩斯有些失落，但他还是立即投入到战前的准备当中。
在太平洋舰队内部，仍然有一些人对情报部门得出的结论持怀疑态度。他们质疑山本为什么会派出联合舰队主力进攻小小的中途岛呢？这会不会是日本人迷惑美军的假情报？更何况日军的习惯是从来不用电报沟通头等机密军事行动的。
尼米兹给出了他的解释，使用电报是因为时间紧迫，没有其他手段代替电报。至于为何联合舰队倾巢出动，是因为山本希望夺取中途岛后，诱使太平洋舰队主力北上增援，进而与美海军决战，复制37年前东乡平巴郎在对马海峡的决定性胜利。
其实尼米兹心里也忐忑不安，他的作战方案完全依赖情报无误，可现有的情报是否可靠？一旦莱顿和罗切斯特判断出错，比如日军进攻的目标是自己所在的瓦胡岛又该怎么办？
当他把莱顿叫到自己的办公室时，他开门见山地要求对方提供更具体的情报，莱顿则坦言很难具体。莱顿是老情报官，已经养成了谨慎的行事风格。
“我要你具体地谈。”尼米兹用不容置疑的口气对他说，“无论如何，这是你的任务，你必须现在站在日军将领的角度，告诉我他们的作战计划。”
莱顿这才鼓舞勇气把自己的分析和盘托出：敌军在6月3日进攻阿留申群岛，航母部队则会在6月4日早晨进攻中途岛。在6月4日这一天，敌军会从西北方向发起进攻，方位325度，距离中途岛175海里，第一波儿空袭会在早上6点钟……
5月27日晚，太平洋舰队司令部和第16、第17特混舰队召开参谋联席会议。出席的人员包括司令部方面的尼米兹、舰队作战官麦克·莫里斯和情报处长莱顿。两支舰队参会的包括弗莱彻、斯普鲁恩斯和他们各自的舰队作战官。
会上尼米兹确定了作战原则，在兵力处于劣势但掌握敌方情况的前提下，务必出其不意、先发制人，使敌方的航母处于被动挨打的地位。预计敌人会在拂晓发起进攻，我方发动进攻的时机应包括“敌航母一半舰载机起飞袭击中途岛”时，或是“敌方袭击结束返回航母”时。最佳时机则是敌舰正在为返航的舰载机加油、补充弹药时，但抓住那样的时机几乎不可能。
临到最后，尼米兹还特意叮嘱弗莱彻和斯普鲁恩斯：“你们要遵循的原则是：值得冒险才去冒险，如无机会致敌严重损失，则不应将己方部队置于优势之敌的袭击之下。”
5月28日清晨，斯普鲁恩斯率领第16特混舰队先期离开珍珠港，然后以环形队形向西北方向驶去。他在舰上看到了第29-42号作战计划，对报告中提及的日军进攻中途岛的具体细节和时间的精准程度瞠目